Universitas Hasanuddin sebagai induk organisasi Program Pascasarjana diresmikan berdirinya pada tanggal 10 September 1956 oleh Wakil Presiden I Drs. Moh. Hatta. Tetapi cikal bakal lahirnya program Pascasarjana baru dimulai 34 tahun kemudian (1980), ketika Rektor Universitas Hasanuddin Prof.Dr. A. Amiruddin membentuk Panitia Persiapan Pendidikan Pascasarjana yang diketuai oleh Prof.Dr.Ir. Fachrudin. Tugas panitia ialah mempersiapkan pembukaan Pendidikan Pascasarjana Tingkat Magister (S2), guna memenuhi kebutuhan tenaga pengajar dalam memperbaiki proses belajar mengajar di Perguruan Tinggi, serta untuk memenuhi kebutuhan pembangunan regional dan nasional di Indonesia.
Kerja keras yang dilakukan oleh Panitia akhirnya membuahkan hasil dengan keluarnya Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Tinggi Departemen Pendidikan dan Kebudayaan RI No. 325/D/T/1982, yang memberi kepercayaan Universitas Hasanuddin membuka Pendidikan Pascasarjana dengan bekerja sama Institut Pertanian Bogor melalui program Kegiatan Pengumpulan Kredit (KPK). Ketika itu baru ada empat program studi yang ditawarkan, yakni Program Studi Sistem-sistem Pertanian, Perencanaan dan Pengembangan Wilayah, Pengelolaan Lingkungan Hidup dan Ekonomi Sumberdaya, sementara pimpinan Pascasarjana dijabat oleh Prof.Dr.Ir. Fachrudin dan Dr. Sjamsuddin Rasjid, M.Sc. sebagai sekretaris.
Empat tahun kemudian, Program Pendidikan Pascasarjana Universitas Hasanuddin diakui menjadi Fakultas Pascasarjana berdasarkan Surat Keputusan Presiden No. 52 tahun 1986 tertanggal 11 Oktober 1986, dan diresmikan oleh Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Republik Indonesia, Prof. Dr. Fuad Hassan pada tanggal 9 Desember 1986. Bersamaan dengan peresmian Fakultas Pascasarjana, ditandatangani pula kesepakatan kerjasama antara Universitas Hasanuddin dan Institut Pertanian Bogor tentang rencana KPK untuk Program Doktor (S3) dalam bidang studi yang berkaitan dengan Ilmu-ilmu Pertanian. Pada waktu itu Dekan Pascasarjana beralih dari Prof. Dr. Ir. Fachrudin yang diangkat menjadi Rektor Universitas Hasanuddin kepada Prof.dr. Hardjoeno dan dibantu oleh Dr. A. Karim Saleh sebagai Pembantu Dekan I bidang Akademik, Dr. Ir. Anna K. Pairunan sebagai Pembantu Dekan II bidang Administrasi dan Keuangan serta Dr. Syahruddin Kadir sebagai Pembantu Dekan III bidang Kemahasiswaan. Dalam priode ini Fakultas Pascasarjana sudah mulai menammatkan 5 orang Magister sebagai alumni pertama.
Hanya berselang empat tahun sesudah Fakultas Pascasarjana diresmikan, Undang-Undang Sistem Pendidikan Nasional dan Peraturan Pemerintah No. 30 Tahun 1990 dikeluarkan oleh Pemerintah, disusul Surat Keputusan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan R.I. No.0311/0/1991 tanggal 6 Juni 1991 tentang Penggantian kembali nama Fakultas Pascasarjana menjadi Program Pascasarjana di lingkungan universitas dan institut negeri di seluruh Indonesia, termasuk Program Pascasarjana Universitas Hasanuddin. Dalam priode ini pimpinan Pascasarjana dijabat kembali oleh Prof.dr.Hardjoeno dengan pergantian Asisten I bidang akademik dari Prof.Dr. A.Karim Saleh yang diangkat sebagai Dekan Fakultas Ekonomi kepada Dr.Ir. Mas’ud Junus, M.Sc., sementara dua pejabat lainnya yakni Dr.Ir. Anna K. Pairunan dan Dr. Syahruddin Kadir, M.Sc. tetap pada posisi semula.
Selanjutnya memasuki tahun 1992, setelah Prof.dr. Hardjoeno mengakhiri jabatannya, pimpinan Pascasarjana selanjutnya dijabat oleh Prof.Dr. Sumali Wiryowidagdo dan dibantu oleh dr.A. Husni Tanra, Ph.D sebagai Asisten I dan Dr. Syahruddin Kadir, M.Sc. sebagai Asisten II. Empat tahun sesudah itu, Prof.dr. A. Husni Tanra Ph.D. dipromosikan naik menjadi direktur dan dibantu oleh Prof.Dr.Ir. Ananto Yudono, M.Eng. sebagai Asisten I bidang Akademik dan Riset, Dr. Hafied Cangara, M.Sc. sebagai Asisten II bidang Administrasi dan Keuangan, dan Dr. Syahruddin Kadir, M.Sc. sebagai Asisten III bidang Kerjasama dan Pengembangan. Selanjutnya pada tahun 2002 pimpinan Pascasarjana dijabat oleh Prof.Dr.Ir.M.Natsir Nessa, MS sebagai Direktur, dibantu oleh Prof.Dr.Sumarwati Kramadibrata Poli, M.Lit. sebagai Asisten Direktur I Bidang Akademik dan Prof.Dr.Aminuddin Salle, SH, MH. sebagai Asisten Direktur II Bidang Administrasi, Keuangan dan Kerjasama. Memasuki pertengahan tahun 2004 jabatan Asisten Direktur II mengalami pergantian, dimana pejabat baru dipercayakan kepada Dr.Ir. Thamrin Idris, MS menggantikan Prof.Dr.Aminuddin Salle, SH, MH yang dipromosikan menjadi Koordinator Perguruan Tinggi Swasta Wilayah IX.
Setelah 20 tahun perjalanan sejarah pembentukan Pendidikan Pascasarjana di Universitas Hasanuddin, selain jumlah alumni meningkat menjadi 275 Doktor, 7.370 Magister dan 804 Dokter Spesialis, juga jumlah program studi yang ditawarkan juga makin bertambah. Saat ini, ada 32 program studi yang ditawarkan untuk tingkat Magister (S2) dan 8 program studi untuk program Doktor (S3). Perkembangan ini bukan saja dikarenakan makin banyaknya dosen Unhas yang kembali dari pendidikan di dalam maupun luar negeri, tetapi juga permintaan masyarakat untuk mengikuti pendidikan lanjutan Pascasarjana juga makin banyak. Sebagai bukti akan hal ini, sekarang ada 1.737 mahasiswa Pascasarjana (Program S2 Reguler) 2.493 mahasiswa (Program S2 Non Reguler) dan 450 mahasiswa Program S3 tengah mengikuti pendidikan dalam berbagai keahlian. Mereka datang dari berbagai daerah, instansi dan profesi, lalu menyatu manjadi suatu masyarakat akademik dalam kampus Universitas Hasanuddin.
Kerjasama antar lembaga juga makin banyak dilakukan, bukan saja di kalangan universitas penyelenggara program pascasarjana atau antar-departemen dalam negeri, tetapi juga dengan lembaga-lembaga pendidikan luar negeri, seperti Virginia Commonwealth University (USA), The British Council dan University of Machester (UK), The Technical University of Berlin (Germany), University of Cincinati dan Cornell University (USA), University of Guelp (Canada), University of Netherlands, Regional English Language Center (Singapore) dan University of Newcastle (Australia). Kerjasama ini dilakukan dalam berbagai bentuk, misalnya pertukaran dosen untuk studi literatur, pertukaran mahasiswa (sandwich program) dan juga pemberian beasiswa.
